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    瑞源生物|组学+酵母双杂交联合实验策略 ——interactome(互作组学)


    蛋白质作为生命活动实际执行的分子,在生物机理研究中处于非常重要的地位。随着蛋白与表型的相关关系、因果关系被逐渐阐明,生物机理的研究往往需要深入到蛋白相互作用层面。如何选择合适的蛋白分子,研究与之相互作用的蛋白网络,从而阐释生理过程也是科研实践中的经典问题。另一方面,天然情况下的蛋白互作,可以采用Co-IP等技术进行检测,然而对于植物、微生物、非模式动物等研究,往往缺乏合适的抗体,定制抗体周期长造价又高。

     

    如何选择合适的蛋白,如何在没有抗体的情况下开展高通量蛋白互作组学研究?

    自己做了一堆高通量,数据拿到手却傻眼了!

    这里,小编和大家一起分享一篇新的文献,一起来看一看高通量蛋白互作组学研究“套路”吧。分子生物实验与组学的经典!!!

    Determination of conifer age biomarkerDAL1 interactome using Y2H-seq

    用Y2H序列测定针叶树年龄生物标志物AL1相互作用组

    期刊:ForestryResearch

    主要技术:高通量酵母双杂交技术(Y2H-seq)

    研究背景

    年龄是一个复杂的生理信号,它确保了生物体不同发育阶段的顺序。科学家先前发现DAL1是一种保守的针叶树年龄生物标记物,在松树从营养生活史阶段向生殖生活史阶段的过渡中起着至关重要的作用。本文拟通过高通量酵母双杂交技术,初步阐明特定的与DAL1相互作用相关的蛋白是理解年龄如何驱动针叶树发育的关键。

     

    研究小结

    大规模酵母双杂交(Y2H)结合下一代高通量测序(Y2H-seq)使我们能够鉴定出135个PtDAL1相互作用蛋白。我们的研究发现PtDAL1相互作用蛋白表现出与衰老相关的模块,具有复杂的由转录组成的相互作用网络因子(TFs)、转录调节因子(TRs)和激酶。这些相互作用的蛋白质是在多种植物激素和激素的作用下产生的环境信号,并可能涉及木材形成,针叶发育,松脂萜类生物合成和繁殖发展。在这项研究中,我们提出了一个新的针叶树老化途径调控模型,其中PtDAL1协调不同的环境刺激,并与相应的蛋白质相互作用,以调节适当的发展。

    天然情况下,一般采用Co-IP等进行蛋白互作验证,而对于植物、微生物、非模式动物等,高通量酵母双杂交(Y2H-seq)完全可以帮您解决缺乏合适抗体,定制抗体周期长造价又高的难题。

    总结一下,本文采用了高通量酵母双杂交Y2H-seq筛选蛋白互作,对NGS的数据进行科学问题的分析的经典套路,你学到了吗~

     

     

     

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