科研服务
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- 产品描述
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服务简介
染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是一种用于研究细胞内蛋白质与DNA是否相互作用的技术。其核心原理是通过甲醛等交联剂固定细胞中的蛋白质与DNA复合物，然后利用超声破碎或核酸酶酶切将染色质随机切断为小片段，利用特异性抗体捕获与目标蛋白质结合的DNA片段，最后通过PCR、qPCR或高通量测序等检测技术分析这些片段。
ChIP-qPCR指将高效率的ChIP技术和实时荧光定量PCR（qPCR）技术相结合分析蛋白质-DNA相互作用，其不仅能够揭示转录因子与DNA的结合情况，还能够对不同位点的结合能力进行量化比较，已成为研究基因表达调控机制、解析转录因子功能不可或缺的强大工具。
ChIP-seq则是将ChIP方法和高通量测序（NGS）技术强强结合，因其在全基因组范围内对组蛋白、转录因子等特定蛋白的DNA结合位点进行高效灵敏的鉴定，进而适用于筛选与目标蛋白结合的未知DNA片段，发掘下游功能基因。
总体服务流程
服务优势精准分析：可提供qPCR定量验证和高通量测序分析方案，精准测定特定基因或区域的结合情况，确保数据的精确性和可靠性
稳定适用：较高的灵敏度和特异性，样本起始DNA量较少，资源有限或稀缺的样本也能获取全基因组范围内特定目的蛋白与DNA互作信息的直观量化数据
专业服务：可联合其他实验技术，输出基因功能注释、富集分析、Motif分析等丰富的生物信息学内容，交付染色质上基因表达调控研究的多维度研究数据
服务保障：技术+业务双重保障，专属顾问全程在线，让您的项目无忧前行！
服务内容南京瑞源生物植物ChIP技术服务体系
服务项目
服务内容
工作日
交付材料
1、载体构建
15个
1、基因合成报告
2、测序验证报告
3、包含表达质粒的大肠杆菌DH5a/TOP10
4、植物表达质粒
2、瞬时表达转化
A、植物继代培养
B、农杆菌转化与鉴定
C、瞬时转化
10个
5、阳性鉴定结果图
3、ChIP-qPCR分析（可选）
A、ChIP前蛋白提取+WB检测
组织交联
B、ChIP富集，WB检测样本(input)中的诱饵蛋白
C、解交联与DNA纯化
D、Chip-qPCR
20个
6、WB、qPCR检测数据结果图片；
7、ChIP标准实验报告(含实验步骤、流程)
4、ChIP-seq分析（可选）
A、WB检测样本(input)中的诱饵蛋白
B、ChIP调取诱饵蛋白及其结合的DNA片段
(2组:实验组和对照组)20个
8、诱饵蛋白的WB检测图
9、ChIP实验报告
C、Seq检测ChIP产物中的DNA片段并分析
(2组:input组和实验组)35个
10、Seq检测和分析报告
送样要求类型 送样标准 运输条件 需要基因合成或者载体构建的序列 无 无 构建好的质粒 浓度>100ng/ul，体积>20ul；提供载体序列和抗性，无污染。 冰袋 含构建好质粒的菌液 体积>500ul；提供载体序列和抗性，无污染。 干冰，1天（5kg）2-3天（10-20kg）3-5天（20-30kg） 平板菌 无污染 常温 植物样本量 样品≥4.5-6g 新鲜组织液氮速冻 干冰，1天（5kg）2-3天（10-20kg）3-5天（20-30kg） 抗体 IP级别抗体>30uL 干冰，1天（5kg）2-3天（10-20kg）3-5天（20-30kg） 案例展示ChIP：
ChIP / Western-blot 结果
根据Western blot结果可知，样本蛋白液（input）和实验组ChIP洗脱液中均检测到诱饵蛋白，对照组没有检测到诱饵蛋白，与预测相符，证明ChIP实验成功。
ChIP-qPCR分析：
A抗体_ChIP对A-DNA片段的富集倍数是lgG_ChIP的2.5倍，证明A蛋白和A基因DNA片段之间存在相互作用。
图：ChIP-qPCR检测结果
ChIP-seq分析：
对注释到的基因集的GO富集分析、KEGG富集分析、ReactomePA富集分析：
GO富集分析柱状图
图中纵坐标为GO Term，横坐标为GO Term富集的显著性水平，数值越高越显著
GO富集分析散点图
图中横坐标为注释到GO Term上的差异基因数与差异基因总数的比值，纵坐标为GO Term
GO富集分析DAG图
每个节点代表一个GO术语，方框代表的是富集程度为TOP5的GO，颜色的深浅代表富集程度，颜色越深就表示富集程度越高，每个节点上展示了该TERM的名称及富集分析的padj
2. Peak 区域 Motif 分析
用Homer软件对Peak区域鉴定motif序列；并将得到的motif序列与JASPAR 数据库（JASPAR CORE 2016 database）进行比对，鉴定已知的motif。
Homer 结果示例：
技术参考文献：
[1] Jordn-Pla A, Visa N. Considerations on Experimental Design and Data Analysis of Chromatin Immunoprecipitation Experiments. Methods Mol Biol. 2018;1689:9-28.
[2] Tu X, Mejía-Guerra MK, Valdes Franco JA, et al. Reconstructing the maize leaf regulatory network using ChIP-seq data of 104 transcription factors. Nat Commun. 2020 Oct 9;11(1):5089.
[3] Zhao Y, Hu J, Wu J, Li Z. ChIP-seq profiling of H3K4me3 and H3K27me3 in an invasive insect, Bactroceradorsalis. Front Genet. 2023 Feb 23;14:1108104.
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