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瑞源医学
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服务简介
Stereo-seq空间转录组技术（STOmics），是具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式空间转录组测序技术，可以实现同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子等不同空间尺度的表达解析。该技术利用DNA纳米球（DNB）作为捕获单元，每个DNB携带独特的空间条形码序列和Poly(dT)序列。
在组织切片上，这些DNB通过Poly(dT)原位捕获mRNA的同时，空间条形码记录mRNA在时空芯片上的物理坐标。随后，对捕获到的mRNA进行测序，并结合空间条形码序列信息，即可解析出基因表达在组织中的空间分布模式。Stereo-seq技术的优势在于可获取组织内RNA分子的空间表达信息，并进一步解析组织和细胞层面的表达特征。
服务优势
1、具备全景式、多层级空间解析能力，可同时覆盖组织、细胞、亚细胞及分子四个维度，突破传统转录组技术仅关注整体表达水平、缺乏空间位置信息的局限，实现基因表达与组织结构的深度融合解析。
2、具备超高空间分辨率优势，具备亚细胞级别的高精度空间定位。默认分析采用Bin50作为分析单元，在保证数据稳定性的同时兼顾空间解析精度，可有效识别组织中精细结构区域及局部表达差异，满足高精度空间表达研究需求。
3、在通量与覆盖范围方面，Stereo-seq支持0.5×0.5 cm及1×1 cm大规格芯片，可实现大面积组织切片的全景式扫描分析。
4、支持灵活的Bin策略，可根据不同组织类型、细胞密度及研究目标，自由选择Bin20、Bin50、Bin100、Bin200等不同分析粒度。
应用场景
1、肿瘤微环境：定位癌细胞、免疫与基质细胞的空间排布，揭示免疫浸润和耐药生态位，指导精准治疗。
2、神经科学：绘制脑区、皮层的细胞图谱，解析阿尔茨海默病等病理蛋白的易感细胞分布。
3、器官发育图谱：构建胚胎发育中基因表达的时空动态网络，解析细胞分化与组织形成机制。
4、作物抗逆：比较干旱、高盐胁迫下根、叶精细组织的基因空间表达，锁定抗逆模块指导育种。
5、果实品质：解析番茄、葡萄等果实不同部位糖、色素合成基因的空间表达，定向改良品质。
服务内容
服务内容 自然日 交付材料 1.1、FF样本（OCT包埋）
1.2、FFPE样本（石蜡块包埋）
1、组织透化优化实验10个自然日；
2、新鲜包埋组织样本质检和石蜡组织样本质检8个样本以内均为10个自然日出质检结果；
1、原始下机数据：提供测序产生的原始数据文件，包括 FASTQ 文件及相关数据说明。
2、样本质检报告：提供样本切片、染色、RNA 质量评估等质检结果；具体内容以实际开展项目为准。
3、生信分析结果：提供标准分析结果文件，以及相关图表。
4、项目结题报告：汇总项目实验流程、分析流程、主要结果图表及结果说明。
2、正式实验 标准分析30个自然日，每增加一个样本增加4个工作日 3、生信分析 送样标准
本产品支持OCT包埋（异戊烷速冻法、干冰速冻法）及FFPE石蜡包埋两种样本类型。通过规范化包埋处理，可有效保持组织结构完整性，并为后续切片提供稳定支撑。建议在条件允许情况下优先采用OCT异戊烷速冻包埋法，以获得更优的组织形态与RNA保存效果。
1、新鲜冷冻样本（OCT包埋）：采用OCT包埋，推荐异戊烷速冻或干冰速冻方式。包埋前需去除组织表面液体，避免冰晶形成。包埋后组织块应完整，无裂隙、气泡及明显移位。
2、FFPE样本（石蜡包埋）：提供标准石蜡包埋组织块，要求固定充分、脱水彻底、浸蜡均匀。组织块应结构完整、无明显空洞或断裂。
3、包埋块质量要求：组织形态清晰、结构完整，无明显压缩、破损或分层；OCT样本无明显冰晶伪影，FFPE样本无脱蜡或组织缺失。
案例报告
参考文献
[1] Dobin A, Davis CA, Schlesinger F, et al. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics. 2013;29(1):15–21.
[2] Satija R, Farrell JA, Gennert D, Schier AF, Regev A. Spatial reconstruction of single-cell gene expression data. Nat Biotechnol 2015 May;33(5):495-502.
[3] Hao, Y., Stuart, T., Kowalski, M.H. et al. Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis. Nat Biotechnol 42, 293–304 (2024).
[4] https://satijalab.org/seurat/articles/visiumhd_analysis_vignette.
[5] Korsunsky, I., Millard, N., Fan, J. et al. Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony. Nat Methods 16, 1289–1296 (2019).
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