分子动力学（蛋白-蛋白/小分子）

南京瑞源生物可对客户提供的蛋白-蛋白/核酸复合物进行分子动力学模拟，评估其在不同温度条件下的稳定性和相互作用行为，以辅助后续结构优化和功能验证工作。

所属分类

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产品描述

项目描述
分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation, MD）作为揭示生物大分子运动行为与相互作用机制的关键工具，相比静态结构分析，其能够在原子尺度上动态观测蛋白复合物的构象演化、结合界面稳定性及环境响应等行为。南京瑞源生物可对客户提供的蛋白-蛋白/核酸复合物进行分子动力学模拟，评估其在不同温度条件下的稳定性和相互作用行为，以辅助后续结构优化和功能验证工作。

项目原理
以复合物的三维结构为初始模型，采用经典力场对分子间的相互作用进行精确描述。在模拟过程中，动态追踪体系中每个原子的轨迹，细致再现相互作用过程中结合、解离、界面重构及构象变化等分子层面的复杂现象。

应用领域
蛋白质-蛋白质动力学模拟：主要用于药物研发、疾病机制研究、蛋白质工程、生物信息学与系统生物学等领域。
蛋白质-小分子动力学模拟：主要用于药物发现与设计、酶学与生物催化、疾病机制研究、材料科学与纳米技术等领域。

项目流程
动力学模拟流程图

技术优势
专业化设备：依托自有服务器，可快速高效完成分子动力学模拟分析，高质量保证交付
专业化团队：团队长期专注于分子动力学模拟，拥有成熟的体系构建与动力学分析流程，上下游服务涵盖结构建模、高通量筛选、分子对接、动力学模拟等全方位分析
高质量图片输出：提供RMSD、RMSF、H-Bonds、结合位点可视化等高质量图片，助力高水平文章发表
全链路实验保障：依托自有实验平台，具有酵母互作、分子实验互作、体外仪器互作检测（SPR/MST/BLI/ITC）等多种类湿实验互作验证方法，可进一步验证研究结果准确性

案例报告
蛋白-蛋白动力学模拟案例
图1 Protein1与Protein2复合物在分子动力学模拟过程中的B factor分析及构象变化
图2 Protein1与Protein2复合物100 ns动力学过程中的RMSD
图3 Protein1与Protein2复合物100 ns动力学过程中的RMSF
图4 Protein1与Protein2复合物100 ns动力学过程中的氢键数目变化
图5 Protein1与Protein2复合物100 ns动力学过程中的各残基结合自由能贡献
图6 Protein1与Protein2复合物在100 ns模拟后的构象与相互作用展示

蛋白-小分子动力学模拟案例
图1 Protein与Ligand复合物100 ns动力学过程中的RMSD
图2 Protein与Ligand复合物100 ns动力学过程中的RMSF
图3 Protein与Ligand复合物100 ns动力学过程中的氢键数目变化
图4 Protein与Ligand复合物100 ns动力学过程中的各残基结合自由能贡献
图5 Protein与Ligand复合物在100 ns模拟后的构象与相互作用展示