AI多模态文库筛选服务（蛋白-化合物）

随着结构生物学与计算化学方法的成熟，基于结构的虚拟筛选（Virtual Screening, VS）已成为小分子先导发现与分子优化的重要手段。通过分子对接在计算机上高通量评估配体与蛋白的结合模式与相对亲和力能显著降低实验成本、提高筛选效率。

所属分类

服务描述

以目标蛋白（化合物）为驱动，瑞源采用Smina对外部提供或自建的化合物(蛋白）库进行两阶段虚拟筛选，系统评估候选分子的结合模式与打分，为后续的分子优化与功能验证提供依据。

项目类型

蛋白筛选化合物

化合物筛选蛋白

技术优势

1、高精度建模：基于AlphaFold3建模技术，构建蛋白质的高精度三维模型；基于化合物数据库，获取化合物高精度三维结构

2、高通量筛选：基于Smina软件进行分子对接，每小时可完成1W+次对接任务，高效实现大规模化合物库筛选

3、可靠性结果：提供每对蛋白-化合物的最低结合自由能，确保数据准确性

4、高质量图片：提供五组互作对的2D/3D模型结合位点分析图，清晰展示结合位点、氢键及距离信息，提供全面的互作细节

5、全链路实验保障：依托自有实验平台，提供SPR、BLI、MST、ITC体外仪器互作类湿实验，实现从数字化筛选到一对一验证的全流程服务

筛选流程

样品接受标准

筛选类型

蛋白筛选化合物

化合物筛选蛋白

样本类型

（1）蛋白诱饵：提供序列或三维结构pdb文件

（2）化合物文库：提供三维结构（sdf/mol2）数据库链接

（如有多版本，需备注清楚版本具体信息）

（1）化合物诱饵：提供化合物英文名、CAS号或sdf/mol2/pdb

（2）蛋白文库:提供数据库，需CDS文件

（如有多版本，需备注清楚版本具体信息）

服务流程、周期及交付

服务项目	服务内容	交付周期	交付材料
蛋白筛选化合物	（1）受体蛋白建模分析	精品版：≤20万，10个工作日； 20万条≤X＜100万，15个工作日普通版：≤20万，7个工作日； 20万条≤X＜100万，15个工作日	1、smina进行两轮高精度筛选（对接精度分别为16、128）全数据Excel表（包括基因编号、最低结合自由能） 2、五对结合位点分析图（二维+三维图，仅限精品版） 3、详细的实验报告
	（2）配体小分子结构分析
	（3）Smina对接评估
	（4）根据结合自由能进行排序、分析和TOP5作图
	（5）数据整理和分析
化合物筛选蛋白	（1）受体蛋白建模分析	精品版：10个工作日普通版：7个
	（2）配体小分子结构分析
	（3）Smina两轮对接
	（4）根据结合自由能进行排序、分析和TOP5作图
	（5）数据整理和分析