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LC-MS/MS代谢组学由于其灵敏度高、通用性强、无需化学衍生等优点,近年来得到了广泛的应用。基于高分辨LC-MS/MS非靶向代谢组学平台,对生物样本中提取到的代谢小分子化合物进行大规模、无偏向性检测,对代谢物的质谱峰强度值进行定量分析,将代谢物的碎片图谱与本地标准品二级谱图数据库进行匹配得到物质鉴定结果。
真核有参转录组核心是以已注释的完整真核生物参考基因组为“坐标模板”,通过高通量测序(如 RNA-seq)捕获细胞内的全部转录本,再通过序列比对、注释、定量等生物信息学分析,解析转录本的结构、表达水平及调控规律。可以解决转录图谱的绘制、基因差异表达模式及进化分析等各方面研究问题,已经被广泛应用于临床诊断和药物研发等诸多领域。
蛋白质-蛋白质相互作用(Protein Protein Interaction,PPI)是指蛋白质之间通过物理接触或化学连接进行相互作用的现象。这种相互作用在细胞的生理活动中起着至关重要的作用,如信号传导、代谢路径、基因表达调控等。传统的PPI预测方法依赖于实验手段,如酵母双杂交(Y2H)和免疫共沉淀(Co-IP),这些方法尽管准确性高,但通常耗时、成本高且适用范围有限。为了应对这一挑战,计算生物学家开发了基于计算方法的PPI预测工具,这些工具可以根据蛋白质的序列或结构信息预测可能的相互作用。
4D蛋白质组学是基于新一代timsTOF Pro2质谱仪,通过捕集离子淌度(TIMS)与同步累积连续碎裂(PASEF)扫描模式进行差异定量蛋白质组学研究。以更少上样量、更快扫描速度,实现蛋白质组、修饰组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。
南京瑞源生物可对客户提供的蛋白-蛋白/核酸复合物进行分子动力学模拟,评估其在不同温度条件下的稳定性和相互作用行为,以辅助后续结构优化和功能验证工作。
互作筛选实验往往以某一诱饵基因为核心,针对文库中的众多候选基因进行“一对多”筛选,得到以该诱饵基因为中心的调控信息。而文库间筛选通过构建两个文库(A:诱饵文库;B:猎物文库),在两个文库之间进行“多对多”筛选,从而得到两个文库中基因的互作网络信息。
随着结构生物学与计算化学方法的成熟,基于结构的虚拟筛选(Virtual Screening, VS)已成为小分子先导发现与分子优化的重要手段。通过分子对接在计算机上高通量评估配体与蛋白的结合模式与相对亲和力能显著降低实验成本、提高筛选效率。
VHH抗体,也称为纳米抗体,是一种来自骆驼科动物的新型抗体,其特点在于仅包含一个重链可变区(VHH),它具有分子量小、热稳定性强、耐有机溶剂、易于表达和工程化改造等特点,在生物医学和生物技术领域有着广泛的应用前景。南京瑞源生物公司具有完善的VHH抗体算法以及表达技术,并对筛选到的抗体进行了进一步的ELISA检测,增强了实验结果的可靠性,为您的科研之路保驾护航。
蛋白质与核酸的相互作用是研究基因表达调控机制的关键,传统实验中常采用DNA Pull Down等方法进行验证,但实验操作复杂且可能无法捕获所有相关蛋白质。 基于此我们利用AI智能技术构建了高效的数字化高通量筛选体系。该服务可快速实现对海量蛋白质或核酸序列的精准建模、互作预测与优化筛选,能够全面筛选并预测可能的核酸-蛋白质相互作用,并提供结构层面的详细信息,极大缩短实验周期,降低实验成本。
数字化文库构建技术服务
南京瑞源生物开发了多个全面涵盖不同物种转录因子(TF)的数字化模拟文库,适用于数字化筛选技术。数字化筛库是一种利用计算机进行高通量文库筛选的方法,可以快速、高效、全面地发现与特定蛋白互作的基因。
南京瑞源生物自主研发蛋白互作置信度分值智能系统,用于衡量蛋白质之间相互作用可靠性的指标。研究DNA-蛋白质或蛋白质-蛋白质之间互作的置信度,并给出置信度分值,为后续实验提供参考依据。