科研服务
立足于生命科学，为基础研究领域科学工作者提供生物学高端技术服务
科研服务
相关产品
真核有参转录组
真核有参转录组核心是以已注释的完整真核生物参考基因组为“坐标模板”，通过高通量测序（如 RNA-seq）捕获细胞内的全部转录本，再通过序列比对、注释、定量等生物信息学分析，解析转录本的结构、表达水平及调控规律。可以解决转录图谱的绘制、基因差异表达模式及进化分析等各方面研究问题，已经被广泛应用于临床诊断和药物研发等诸多领域。
- 产品描述
-
服务描述
真核有参转录组核心是以已注释的完整真核生物参考基因组为“坐标模板”，通过高通量测序（如 RNA-seq）捕获细胞内的全部转录本，再通过序列比对、注释、定量等生物信息学分析，解析转录本的结构、表达水平及调控规律。可以解决转录图谱的绘制、基因差异表达模式及进化分析等各方面研究问题，已经被广泛应用于临床诊断和药物研发等诸多领域。
应用领域
农林领域：抗逆胁迫机制，生长发育机制，育种保护研究等。
微生物领域：致病机理，耐药机制，病原体－宿主相互作用研究等。
海洋水产：渔业资源，海水养殖，渔业环境与水产品安全等。
基础医学、临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，个性化治疗等。
技术优势
样本处理经验丰富：各类动植物组织和细胞、微生物、外泌体等。
平台优势：llumina/T7双平台灵活可选、质控严格、数据质量高。
分析内容丰富：分析丰富、可进行多种组学联合分析。
服务流程
生物信息学分析流程
备注：标准报告包含所有黑色字体分析内容，不包含绿色字体分析内容
样品接收标准
样本
要求
备注 新鲜植物组织
≥400 mg ，≥3个生物学重复
液氮速冻，-80℃保存，干冰运输，1天（5kg）2-3天（10-20kg）3-5天（20-30kg）
新鲜动物组织
≥200 mg，≥3个生物学重复
新鲜培养细胞
≥8x107 个，≥3个生物学重复
新鲜采集全血
≥4 mL，≥3个生物学重复
菌体
≥400 mg，≥3个生物学重复
服务流程、周期及交付
服务流程 工作日 交付材料 RNA提取及质检 28 1、原始数据、结果图片
2、标准实验报告（含实验步骤、流程）
3、生信分析：基因表达定量分析、基因差异表达分析、功能富集分析、基因结构分析
文库构建及质控 上机测序 生信分析 实验报告 数据分析
服务标准 分析内容 拟解决问题 标准数据分析
质控 获得高质量数据 参考基因组比对(有参)/denovo组装(无参) 获得后续分析的基因 新基因预测 发现新基因 基因表达水平 获得基因的表达丰度 表达差异分析 鉴定差异基因表达情况 功能注释与富集 确定基因的功能特征及代谢通路 蛋白互作网络分析 利用网络图挖掘核心基因 转录因子分析 对差异基因进行转录因子注释 可变剪切分析 挖掘基因的不同剪切类型 高级数据分析
WGCNA 获得与表型强关联的核心基因 GSEA分析 检验目标基因间的富集情况 趋势聚类分析 探讨基因的表达趋势模式 基因融合分析 探索基因的嵌合情况 案例报告
（1）基因表达水平分析
基因表达水平计算
图：不同表达水平区间的基因数量统计图
（2）样本基因表达量总体分布
图：各样本FPKM箱线图
（3）RNA-seq 整体质量评估
样本间相关性评估
图：样本间相关系数热图
（4）差异表达分析
筛选差异基因
图：差异表达基因统计柱状图
（5）差异表达基因功能注释和富集分析
图：差异基因 GO 富集柱状图
（6）差异基因蛋白互作网络分析
图：差异表达基因的互作网络图（top300）
（7）转录因子分析
（8）可变剪切分析
图：可变剪切事件分类
参考文献
[1]Marcel Martin. (2011). Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet.journal. (cutadapt).
[2] Daehwan Kim, Ben Langmead, Steven L Salzberg. (2015). HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements. Nature methods. (HISAT2).
[3] Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber. (2014). HTSeq-A Python framework to work with highthroughput sequencing data. Bioinformatics. (HTSeq).
[4] Love, M.I., Huber, W., Anders, S. (2014). Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biology. (DESeq2).
[5] Zuguang Gu, Roland Eils , Matthias Schlesner. (2016). Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional genomic data. Bioinformatics. (ComplexHeatmap).
[6] Robinson M. D., McCarthy D. J. & Smyth G. K. (2010). edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics. (edgeR).
[7] Kanehisa M., M. Araki, et al. (2008). KEGG for linking genomes to life and the environment. Nucleic acids research. (KEGG).
[8] Shannon P, Markiel A, Ozier O, Baliga NS, Wang JT, Ramage D, Amin N, Schwikowski B, Ideker T. [2003]. Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome Research.
[9] Shen S., Park JW., Lu ZX., Lin L., Henry MD., Wu YN., Zhou Q., Xing Y. [2014]. rMATS: Robust and Flexible Detection of Differential Alternative Splicing from Replicate RNA-Seq Data. Proc Natl Acad Sci USA. (rMATS).
[10] Pertea M, Pertea GM, Antonescu CM, Chang TC, Mendell JT& Salzberg SL. [2015]. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads. Nature Biotechnology. (Stringtie).
声明：本公司出售产品只能用于科研目的，不得用于诊断或者治疗！
赋能科研，驱动创新
联系我们
-
电话：400-863-8520
咨询邮箱：market@bestofbest.top
投诉建议：info@bestofbest.top
地址：江苏省南京市栖霞区仙林街道齐民西路6号南京仙林智谷3C栋10楼
子公司：南京维百瑞检测技术有限公司
南京瑞源生物
官方客服