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- 产品描述
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▼ 服务介绍
南京瑞源生物自主研发蛋白互作置信度分值智能系统,用于衡量蛋白质与蛋白质、核酸等相互作用可靠性的指标。研究互作的置信度,并给出置信度分值为后续实验提供参考依据。
▼ 技术优势
1、高精度建模:基于AlphaFold建模技术,构建蛋白质与核酸的高精度三维模型
2、高效对接:利用HDOCK进行快速对接,筛选高置信度复合物;
3、可靠的置信度分析:针对建模结果进行评分,保障高质量交付
4、结合位点分析:提供蛋白三维模型(远景+近景)结合位点分析图,清晰展示结合位点、氢键及距离信息,提供全面的互作细节
▼ 应用场景
1、蛋白与抗体亲和力预测
2、蛋白与蛋白三维互作模型及结合位点分析
3、蛋白与多肽的结合力分析
4、酶与蛋白底物结合力分析
5、三个蛋白相互作用分析
6、蛋白与核酸互作分析
▼ 服务内容
服务内容
周期(工作日)
交付材料
蛋白质互作置信度分析
5
交付电子版分析结果
一对一验证
1.基因合成
基因合成(密码子优化)/载体构建
10
1. 构建的重组质粒
2. 互作验证实验报告1份
2.转化
重组质粒转化酵母细胞并进行自激活检验
7
3.互作验证
设置阳性对照、阴性对照组,互作验证
10
▼ 案例报告
蛋白质与蛋白质互作结合物位点分析下游实验
根据编码蛋白的核酸序列找到可能结合位点氨基酸序列,分别将其突变为丙氨酸,并进行酵母一对一验证。
图:酵母一对一验证结合位点
▼ 参考文献
Yan Y, Tao H, He J, Huang S-Y.* The HDOCK server for integrated protein-protein docking. Nature Protocols, 2020; doi: https://doi.org/10.1038/s41596-020-0312-x.
Yan Y, Zhang D, Zhou P, Li B, Huang S-Y. HDOCK: a web server for protein-protein and protein-DNA/RNA docking based on a hybrid strategy. Nucleic Acids Res. 2017;45(W1):W365-W373.
Yan Y, Wen Z, Wang X, Huang S-Y. Addressing recent docking challenges: A hybrid strategy to integrate template-based and free protein-protein docking. Proteins 2017;85:497-512.
Huang S-Y, Zou X. A knowledge-based scoring function for protein-RNA interactions derived from a statistical mechanics-based iterative method. Nucleic Acids Res. 2014;42:e55.
Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers,Bioinformatics, 30(22): 3281-3283, 2014.
Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Protein-Protein Docking on Hardware Accelerators: Comparison of GPU and MIC Architectures, BMC Systems Biology, 9(Suppl 1): S6, 2015.
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