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- 产品描述
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▼ 服务介绍
南京瑞源生物自主研发蛋白互作置信度分值智能系统,用于衡量蛋白质与蛋白质、核酸等相互作用可靠性的指标。研究互作的置信度,并给出置信度分值为后续实验提供参考依据。
▼ 技术优势
1、零实验操作与试剂费用：全自动服务，省去实验繁琐的操作和昂贵的试剂耗材开支。
2、快速候选基因筛选：快速获得蛋白质互作图谱，告别长时间等待
3、可靠的置信度分析：这将大大缩小互作蛋白或基因验证的范围，让您避免不必要的工作。
4、符合期刊要求的图片：提供高清晰度的3D蛋白结构分析图，满足不同期刊格式要求。
5、省心的后续实验：可选择提供酵母一对一验证实验服务，可以对筛选结果进行进一步的验证和定量分析，提高可信度和准确度。
▼ 应用场景
1、蛋白与抗体亲和力预测
2、蛋白与蛋白三维互作模型及结合位点分析
3、蛋白与多肽的结合力分析
4、酶与蛋白底物结合力分析
5、三个蛋白相互作用分析
6、蛋白与核酸互作分析
▼ 服务内容
服务内容
周期（工作日）
交付材料
蛋白质互作置信度分析
5
交付电子版分析结果
一对一验证
1.基因合成
基因合成（密码子优化）/载体构建
10
1. 构建的重组质粒
2. 互作验证实验报告1份
2.转化
重组质粒转化酵母细胞并进行自激活检验
7
3.互作验证
设置阳性对照、阴性对照组，互作验证
10
▼ 案例报告
蛋白质与蛋白质互作结合物位点分析下游实验
根据编码蛋白的核酸序列找到可能结合位点氨基酸序列，分别将其突变为丙氨酸，并进行酵母一对一验证。
图：酵母一对一验证结合位点
▼ 参考文献
Yan Y, Tao H, He J, Huang S-Y.* The HDOCK server for integrated protein-protein docking. Nature Protocols, 2020; doi: https://doi.org/10.1038/s41596-020-0312-x.
Yan Y, Zhang D, Zhou P, Li B, Huang S-Y. HDOCK: a web server for protein-protein and protein-DNA/RNA docking based on a hybrid strategy. Nucleic Acids Res. 2017;45(W1):W365-W373.
Yan Y, Wen Z, Wang X, Huang S-Y. Addressing recent docking challenges: A hybrid strategy to integrate template-based and free protein-protein docking. Proteins 2017;85:497-512.
Huang S-Y, Zou X. A knowledge-based scoring function for protein-RNA interactions derived from a statistical mechanics-based iterative method. Nucleic Acids Res. 2014;42:e55.
Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers,Bioinformatics, 30(22): 3281-3283, 2014.
Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Protein-Protein Docking on Hardware Accelerators: Comparison of GPU and MIC Architectures, BMC Systems Biology, 9(Suppl 1): S6, 2015.
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