1、酵母双杂实验过程中如何选择核体系或者膜体系？

主要是根据所关注的诱饵蛋白在细胞内的定位情况来确定：

1) 诱饵基因是定位在膜上的蛋白，则选择膜体系文库；

2) 诱饵基因是定位于核，则选择核体系文库；

3) 诱饵基因是定位在细胞质，可以选择核体系或者膜体系文库

2、分离泛素膜系统的优点有哪些？缺陷有哪些？

分离的泛素系统优点

研究的蛋白质之间的相互作用发生在细胞膜或细胞质，而不是细胞核中 , 因此使得在细胞质和细胞膜中行使生理功能的蛋白质相互作用的研究得到广泛的应用， 在一定程度上弥补了传统的酵母双杂交系统的缺陷。

报告蛋白也可以选用其他性质的蛋白 (如酶 ) ，这样就可以通过检测酶活性来分析蛋白质间的相互作用。

分离的泛素系统的局限

在文库筛选结合蛋白时通常存在着假阳性较高的缺陷。因此，用该系统筛选出来的相互作用蛋白尚需采用免疫共沉淀等方法进一步加以证实；

3、膜系统酵母双杂文库如何选择诱饵载体？

膜系统酵母双杂根据诱饵基因的蛋白跨膜方式选择不同的载体，可以根据如下网站预测蛋白结构进行选择：

http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/phobius/

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

上面的这两个网站可以分析膜蛋白的细胞内和细胞外区域。

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

这个网站可以具体分析蛋白的信号肽序列，以及N端是否存在cleavge site。