告别CHIP-Seq，新一代蛋白质—DNA互作研究-CUT&Tag重磅来袭

什么是CUT&Tag？

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是蛋白质-DNA 互作关系研究的新方法，是一种使用 protein-A-Tn5( pA-Tn5 ) 转座体融合蛋白的连接方法。在 CUT&Tag 中，通透性细胞或细胞核与特定染色质蛋白的抗体孵育，然后负载嵌镶末端接头的 pA-Tn5 被连续地连接到抗体结合位点。通过添加镁离子激活转座体，导致接头整合到附近的 DNA。然后这些基因被扩增，生成测序库。是一种超微量的研究技术，适用于无 ChIP 级别抗体的蛋白研究。与传统的 ChIP-Seq 研究方法相比，该技术无需交联、超声打断、末端抹平和接头连接等操作，因此具有省时高效、所需的样品量少、背景信号低和可重复性好等优点，甚至可用于单细胞水平测序。CUT&Tag 有望将蛋白质-DNA 互作的研究变成一种类似 PCR 反应的常规操作，经过 PCR 扩增后形成可以直接用于高通量测序的文库，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有革命性的意义。 

CUT&Tag方法原理

技术原理

ChiTag是Protein A蛋白与Tn5转座酶的融合蛋白，当抗体结合目的蛋白（如转录因子、组蛋白等）后，Protein A蛋白可直接结合抗体，携带的Tn5转座酶可特异性的切割目的蛋白附近的DNA片段，并将DNA片段连上接头，文库构建之后可进行高通量测序。 

CUT&Tag实验流程

产品优势 

样品起始量低：能够对及少量样品进行分析，可兼容低至 60 个细胞甚至单细胞 

超高活性：兼具 pG/A &Tn5 活性，DNA 片段化活性高 

信噪比高：背景噪音低，所需测序深度少，信噪比显著优于 ChIP-Seq 

实验重复性好：平行样本之间的重复性好。实验重复结果保持一致 

CUT&Tag 技术方法简便易行，信噪比高，重复性好，需要的细胞数量少  

样本要求 

细胞、组织，其它样品信息请详询 

样品量：细胞：5×105；组织：5mg 

样品保存：细胞样品或新鲜组织块，液氮冻存后，-80℃ 保存 

样品运输：干冰运输 

案列解析

CUT&Tag文献

在生物学研究中，DNA 与蛋白质之间的互作是至关重要的，参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及 RNA 的转运、翻译和调控等多个过程，几乎涉及所有的生命活动。目前研究两者互作的方法很多，作者选择了传统的研究手段 ChIP-seq，优化的 CUT&RUN 方法，以及新方法 CUT&Tag 共同研究组蛋白 H3K27me3。通过比对实验结果，发现CUT&Tag 有低背景噪声强信号。通过对 H3K4me1 修饰物进行分析，显示 CUT&Tag 的灵敏度高，实验可重复性最好。  

重复性相关矩阵：CUT&Tag 的灵敏度高，实验可重复性好 

CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-Seq 实验结果对比：CUT&Tag 具有更好的信噪比和更 低的背景 

peak-Calling 的对比：CUT&Tag 比 CUT&RUN、ChIP-seq 或 ATAC-seq 有更高的信号 

研究结果

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是一种可应用于表观遗传学领域的 DNA-蛋白质互作研究新技术，主要用于研究转录因子或组蛋白修饰在全基因组上的结合或分布位点。 

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是替换传统的 ChIPSeq 用以研究蛋白质-基因组互作的新技术，与后者相比，它具有信噪比高、可重复性好、实验周期短（1 天实现从细胞到文库构建）、细胞投入量低等显著优势，尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。