互作组学

互作组学

▼服务简介

在大数据时代,南京瑞源生物通过科学实验验证组学结合新一代NGS测序技术,并利用生物信息学分析方法,综合整理浩瀚地组学信息,推出了酵母平台系统+NGS技术服务,将快速有效地推进系统生物学研究的进展。

随着后基因组时代的到来,蛋白质研究变得更加广泛而深入,同时蛋白质与蛋白质相互作用(protein—protein interaction, PPI )的重要性也越来越受到重视。

近几年, 利用高通量筛选、计算方法预测、文献挖掘等技术产生了海量PPI数据,并且数据还在飞速增长中。成为蛋白质相互作用网络构建和生物学通路分析的主要资源,也是蛋白质功能组学研究的有效平台和辅助手段。

从DNA到蛋白质:

蛋白质是由多种氨基酸按特定的排列顺序通过肽键连接成有一定结构的高分子化合物

▼实验原理

▼酵母杂交高通量筛选系统

实验分类

实验技术

实验目的

互作组学

酵母双杂交核文库高通量筛选Y2H-Seq

筛蛋白与蛋白互作

互作组学

酵母单杂交高通量筛选Y1H-Seq

筛核酸与蛋白互作

互作组学

TF-centered Y1H-Seq

筛蛋白结合的motif元件

互作组学

酵母双杂交膜文库高通量筛选Y2H-Seq

筛跨膜蛋白的结合蛋白

▼技术优势

传统酵母杂交系统:

费钱费力费时,假阳性率高

工作繁琐,需要一个个挑菌,一个个PCR,一个个回收,一个个测序,一条条分析序列

酵母杂交高通量筛选系统:

酵母杂交系统与高通量测序技术结合

省钱省力省时,可一举筛选数千互作单菌落

该技术主张把所有菌混到一起,用高通量测序,用生信方法自动比对所有序列,将一轮筛库时间至少缩短66%,并且效率随着筛库规模的增加而显著递增,边际成本迅速降低

▼互作组学科研方案

▼参考文献

参考文献:Determination of conifer age biomarker DAL1 interactome using Y2H-seq.

作者Xi Chen, Qianya Zhu, Yumeng Nie, Fangxu Han, Yue Li, Harry X. Wu, and Shihui Niu.

文献链接:https://doi.org/10.48130/FR-2021-0012.

期刊:Forestry Research 2021, 1: 12.

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